أُشعلت النار في مباني العبادة المؤقتة في جنوب شرق السودان في 16 يناير، بعد ثلاثة أسابيع من إحراق المباني التي استبدلت بها. في ولاية النيل الأزرق جنوب شرق السودان، يشتبه في أن الإسلاميين في بوت، قد أحرقوا المباني التي شُيِّدت بعد أن التهمت الحرائق في 28 ديسمبر مباني العبادة التابعة للكنيسة الكاثوليكية والكنيسة الأرثوذكسية، في جنوب السودان بالقرب من المنطقة الحدودية.

وبحسب مصادر لينغا، قال القس الموجود في مابان، والذي تم حجب اسمه لأسباب أمنية، لصحيفة "مورنينج ستار نيوز": "هذا الحادث صحيح، فقد أُحرقت الكنائس الثلاث مرتين في أقل من شهر".

وقال إن بعض المسلمين في منطقة بوت غاضبون من وجود الكنائس هناك، وهم مشتبه بهم في الحرائق.

وبحسب ما ورد انتقدت منظمة حقوقية الشرطة لعدم اتخاذ أي إجراء بعد أن طلب مسيحيون من المنطقة إجراء تحقيق.

أصدر وزير الشؤون الدينية السوداني نصر الدين مفرح بيانا قال فيه إن الشرطة اعتقلت واستجوبت مشتبها به تم الإفراج عنه بسبب نقص الأدلة، وفقا لأحد التقارير. مؤكدا أنه تم إحراق مبنى كنيسة واحدة فقط، وقال مفرح أن السودان ملتزم بالحرية الدينية وحماية دور العبادة من أي تهديدات.

وقال في البيان، إن الشرطة ستستمر في التحقيق، بينما كان في زيارة رسمية لواشنطن العاصمة.

وقال إنه "إذا ثبت أنه قد حدث نتيجة لجريمة جنائية، فسيتم التعرف على مرتكبيها ومطاردتهم وتقديمهم إلى العدالة".

في ضوء التقدم الحاصل في الحرية الدينية منذ الإطاحة بالرئيس السابق عمر البشير في أبريل، أعلنت وزارة الخارجية الأمريكية في 20 ديسمبر أن السودان قد أزيل من قائمة الدول ذات الاهتمام الخاص التي تتعامل أو تتسامح مع الانتهاكات المستمرة والفاضحة للحرية الدينية "وتمت ترقيته إلى قائمة المراقبة.

بعد انفصال جنوب السودان في عام 2011، تعهد البشير بتبني نسخة أكثر صرامة من الشريعة (الشريعة الإسلامية) والاعتراف بالثقافة الإسلامية واللغة العربية فقط. قال زعماء الكنيسة إن السلطات السودانية هدمت أو صادرت الكنائس وقيدت الأدب المسيحي بحجة أن معظم المسيحيين غادروا البلاد بعد انفصال جنوب السودان.

في أبريل 2013، أعلن وزير الإرشاد والأوقاف السوداني آنذاك أنه لن يتم منح تراخيص جديدة لبناء كنائس جديدة في السودان، مشيرًا إلى انخفاض عدد سكان جنوب السودان. قام السودان منذ عام 2012 بطرد المسيحيين الأجانب وهدم مباني الكنائس بالجرافات. وإلى جانب مداهمة المكتبات المسيحية واعتقال المسيحيين، هددت السلطات بقتل مسيحيي جنوب السودان الذين لم يغادروا أو يتعاونوا معهم في جهدهم للعثور على مسيحيين آخرين.

بعد إقالة البشير، شكل القادة العسكريون في البداية مجلسًا عسكريًا لحكم البلاد، لكن المظاهرات الإضافية دفعتهم إلى قبول حكومة انتقالية تضم مدنيين وشخصيات عسكرية، مع انتخاب حكومة مدنية في الغالب على أساس ديمقراطي خلال ثلاث سنوات. من المتوقع أن يكون للمسيحيين صوت أكبر في ظل الإدارة الجديدة.

من بين 11 شخصًا تم تعيينهم في مجلس السيادة للإشراف على الانتقال إلى الحكم المدني في السودان، كانت رجاء نقولا عيسى عبد المسيح، وهي مسيحية قبطية عملت لفترة طويلة قاضيا في وزارة العدل السودانية وكانت واحدة من ستة مدنيين تم تعيينهم في المجلس في 21 أغسطس.
قال وزير الشؤون الدينية مفرح بحسب ما نقلت لينغا، إن وزارته ستحارب الإرهاب والتطرف ومفاهيم التكفير - وعقوبات ترك الإسلام.

تم تكليف الحكومة الجديدة التي أدت اليمين الدستورية في 8 سبتمبر 2019 بقيادة رئيس الوزراء عبد الله حمدوك، وهو اقتصادي، بالحكم خلال فترة انتقالية مدتها 39 شهرًا. والحكومة تواجه تحديات القضاء على الفساد الطويل الأمد و"الدولة العميقة" الإسلامية المتجذرة خلال 30 سنة من حكم البشير.

جدير بالذكر ان السودان احتل المرتبة السابعة في قائمة البلدان التي يصعب فيها أن تكون مسيحيا.