يقوم العديد من المسيحيين الأقباط بالفرار إلى الولايات المتحدة وأوروبا لأنهم لم يعودوا يشعرون بالأمان في بلدهم مصر. ويشعر العديد منهم بأن الحكومة الاسلامية الاخوانية لا تفعل ما يكفي لحمايتهم ضد التمييز وجرائم الكراهية، ولذلك هم يلجأون إلى الفرار من البلاد، وفقا لتقارير صدرت مؤخرا.
يحاول العديد من الأقباط الذهاب للولايات المتحدة، وهي البلد الذي ياتي المصريون فيه الآن في المرتبة الثانية من ناحية الجنسيات التي تطلب اللجوء السياسي. في العام 2010، حصل 531 مصري على اللجوء في الولايات المتحدة، ومع ذلك، تلقى 2882 مصريا اللجوء في العام 2012، وفقا لوزارة الأمن الداخلي.
ويلجأ الاقباط أيضا إلى دولتي جورجيا وهولندا لأن كلا البلدين قد خفضتا القيود المفروضة على طالبي اللجوء.
يأتي هذا في الوقت الذي يبدو ان اشكال العنف الطائفي تتصاعد من دون رادع من قبل الحكومة. في نيسان الماضي، قُتل ثمانية أشخاص في أعمال عنف طائفية بين المسيحيين والمسلمين، وهوجمت كاتدرائية القديس مرقس في القاهرة وهذا ما دفع البابا تاوضروس الثاني لانتقاد الرئيس محمد مرسي لعدم حماية الكنيسة.
وهناك أمثلة أخرى عن الأحداث الطائفية مثل فتوى قيادي بارز في جماعة الإخوان ينصح المسلمين بالامتناع عن معايدة الاقباط في عيد الفصح المجيد. وبرر ذلك أن هذا عيد مسيحي وليس إسلامي فلا يجوز المعايدة.
يواجه الأقباط مزيد من التمييز عند محاولة بناء كنائس جديدة، ويمكن ذلك فقط من خلال مرسوم رئاسي من قبل الرئيس المصري لبناء أي كنائس جديدة. وبعد عام واحد في منصبه، سمح الرئيس مرسي ببناء كنيسة واحدة جديدة.