البابا شنوده رفع دعوى قضائية امام محكمة القضاء الاداري ضد رئيس الوزراء الدكتور عصام شرف والدكتور عبد القوي خليفة محافظ القاهرة، وقال البابا شنوده في دعواه: "ان محافظة القاهرة تريد ان تستولي على فيلتي" وطالب ببطلان القرار التي اتخذته لجنة فحص المباني والمنشآت المعمارية المتميزة والصادر بادراج العقار الخاص بالبابا في احد شوارع القاهرة في قسم الزيتون ضمن العقارات المميزة عمرانيا.

وقد ذكر البابا شنودة في دعواه أن محافظ القاهرة اخبره باختيار العقار المملوك له ضمن العقارات المتميزة عمرانيا وفقا للقانون رقم 144 لسنة 2006 وقال له أن المبنى يتميز بطراز معماري فريد ومميز ويرتبط بشخصية تاريخية وبالتاريخ القومي ويعبّر عن حقبة تاريخية ويعتبرونه مزارا تراثيا.

البابا بدوره رفض القرار وتقدم بشكوى امام لجنة التظلمات بإدارة التنسيق الحضاري إلا أن اللجنة رفضت شكواه مما جعله يلجأ إلى القضاء الإداري للطعن على القرار والتظلم.

البابا شنوده رفع في دعواه ان لجنة العقارات المميزة لم تتخذ ولم تتبع الاجراءات المنصوص عليها بالقانون رقم 144 لسنة 2006 ولم تدون في السجلات البيانات الخاصة بالعقار سواء كان في مكناته، اسم مالكه، موقع المبنى بالتفصيل، صور فوتوغرافية للمبنى، نوعية الانشاء، الحالة الانشائية للمبني، العناصر والاجزاء التي تستوجب الحفاظ عليها وامور اخرى.

البابا شدد على أن فيلته لا تمثل طرازا معماريا متميز وخاصة وان قرار اللجنة لم يحصر او يحدد اي نوع طراز يتبع العقار وذكر بان الفيلا التي يملكها لا ترتبط بتاريخ قومي او بشخصية تاريخيه كما يقولون وشدد على أن العقار مضى على بنائه أكثر من 80 سنة وأصبحت حالته لا تتحمل لمرور وقت طويل على بنائه.